ولايته لمشيخة الجامع الأزهر:

صدر الأمر بتعيينه شيخاً للأزهر سنة (1317 هـ)، ولبث في هذا المنصب أربع سنوات تقريباً، وحدث أنه اختار أحد العلماء ــ وهو الشيخ أحمد المنصوري ــ شيخاً لأحد أروقة الأزهر، ولم يكن الحاكم راضياً عن هذا، فأوعز إلىٰ الإمام بالعدول عن تعيينه، فأبىٰ الشيخ الإمام الرجوع عن اختياره، وقال: «إن كان الأمر لكم في الأزهر دوني فاعزلوه، وإن كان الأمر لي دونكم فهذا الذي اخترته ولن أحيد عنه»، فانتهزها الدّسّاسون وأوغروا صدر الحاكم عليه فأرسل إليه من يقول له: «إن تشبّثك برأيك قد يضرّك في منصبك»، فقال الشيخ الإمام: «إن رأيي لي، ومنصبي لهم، ولن أضحي لهم ما يدوم في سبيل ما يزول»، وقدّم استقالته، فقبلت في اليوم الثاني سنة (1320 هـ)، وعين بدلاً منه الشيخ علي بن محمد الببلاوي، ثم عين بعده الشيخ الشربيني، ثم أعيد الشيخ حسونة النواوي، ثم صدر الأمر بإعادة الإمام البشري مرّةً ثانيةً سنة (1327 هـ) إلىٰ عمله، وظلّ فيه حتىٰ لقي ربّه.